Home  R code Gaussian Network Mouse Data CFS Data 

Made with Namu6
 

Mouse Data

Test for differential modular structure in the mouse data

The test statistic for differential modular structures in two networks is sensitive to the choice of &epsilon, so we tried the range of values listed below. The following table shows the results for various choices of &epsilon and also presents the value of the test statistic N, its corresponding p-value, the number of modules discovered in each network, and the total number of genes discovered in some module for each network.

&epsilon

N

 p-value # of modules in lean network # of modules in heavy network
.35 .222 .020 1 1
.40 .455 .031 1 1
.45 .793 .019 3 1
.50 .976 .033 5 1
.55 .999 .001 3 1


As seen in the table, the value of the test statistic and the structure of the networks are sensitive to the selection of &epsilon . However, the result of the significance test is not affected by our choice of &epsilon for this analysis. Thus, regardless of how we define a module, the observed data supports the statement that the two networks have significantly different modular structures.

Reconstructed networks for the mouse data

In this section, we use the Cytoscape software (Shannon et al., 2003) to visualize the two networks for the mouse data. For this example, we use the minimum size parameter m = 5 and the threshold parameter &epsilon = .5 to define a module. The two reconstructed networks are shown below.

Reconstructed network for lean mice



Reconstructed network for heavy mice



Tests for differential connectivity of individual genes in the mouse data

The values of the test statistic and the corresponding p-values (with no multiplicity corrections) for the 20 most significant genes in testing for differential connectivity between the lean and heavy mice networks are listed in Table 5 of the paper. Here is a complete list of all of the genes considered.

SubstanceBXH Gene d p-value
MMT00067823 Anxa2 0.118 0.000
MMT00056866 Anxa5 0.119 0.000
MMT00030931 Apom 0.186 0.000
MMT00078851 F7 0.122 0.000
MMT00021805 Igfbp7 0.157 0.000
MMT00081331 Itih1 0.149 0.000
MMT00065159 Kng2 0.168 0.000
MMT00074736 Scnn1a 0.148 0.000
MMT00055005 Slc22a7 0.154 0.000
MMT00061313 Slc43a1 0.162 0.000
MMT00048209 Spp1 0.232 0.000
MMT00078732 9430028I06Rik 0.153 0.000
MMT00056362 AA960558 0.153 0.001
MMT00050363 Map4k4 0.145 0.001
MMT00052695 Proz 0.126 0.001
MMT00003081 2310046G15Rik 0.158 0.001
MMT00021649 Erbb3 0.167 0.003
MMT00006713 Ppic 0.097 0.003
MMT00031263 Tuba1 0.132 0.003
MMT00026944 Igfbp2 0.182 0.004
MMT00072042 Col14a1 0.161 0.005
MMT00067261 Serpinf2 0.15 0.005
MMT00061509 Fabp4 0.16 0.006
MMT00080150 Fkbp7 0.121 0.007
MMT00055467 Marcks 0.139 0.007
MMT00006300 Tubb2 0.16 0.007
MMT00074488 Epb4.1l2 0.124 0.008
MMT00024492 F2r 0.149 0.008
MMT00026397 1200015A22Rik 0.155 0.009
MMT00067079 Fetub 0.142 0.010
MMT00006315 5031439A09Rik 0.123 0.011
MMT00067525 Ddah2 0.119 0.011
MMT00053218 Armcx2 0.155 0.012
MMT00077345 Maged2 0.146 0.015
MMT00008463 Pdir 0.141 0.017
MMT00074326 Sdcbp 0.134 0.018
MMT00050107 Trip13 0.193 0.019
MMT00002209 Tusc3 0.177 0.019
MMT00064235 Ang1 0.140 0.020
MMT00056798 2310016C16Rik 0.150 0.021
MMT00006230 Npn3 0.157 0.023
MMT00032979 Aldh1a7 0.137 0.025
MMT00042972 Aox1 0.165 0.026
MMT00000840 Col5a3 0.205 0.028
MMT00062460 Ntf3 0.197 0.030
MMT00030465 Arhgap24 0.169 0.032
MMT00071189 S100a10 0.151 0.036
MMT00013203 Mat1a 0.149 0.037
MMT00034198 Cbr3 0.188 0.039
MMT00018643 C86987 0.188 0.044
MMT00039457 2600017H08Rik 0.161 0.044
MMT00074541 Nid1 0.138 0.044
MMT00015563 Ppm1l 0.184 0.045
MMT00036669 Rnf11 0.122 0.047
MMT00061815 Arhgap18 0.156 0.048
MMT00021004 Xbp1 0.195 0.048
MMT00075754 3732412D22Rik 0.187 0.050
MMT00061312 Lcat 0.166 0.052
MMT00024307 Tubb4 0.177 0.054
MMT00064617 Vim 0.136 0.054
MMT00056571 BC026585 0.202 0.055
MMT00072057 Col4a1 0.165 0.057
MMT00008968 Ggta1 0.190 0.058
MMT00055441 Tax1bp3 0.129 0.058
MMT00076621 2010002N04Rik 0.190 0.062
MMT00039459 Fsp27 0.123 0.065
MMT00031617 Tnc 0.192 0.065
MMT00071976 AI173486 0.140 0.067
MMT00034467 E130307J04Rik 0.168 0.068
MMT00023864 6720460F02Rik 0.162 0.069
MMT00018239 Cyp2d13 0.188 0.071
MMT00054261 Edn1 0.209 0.072
MMT00033171 Serpina11 0.154 0.072
MMT00078976 Cd36 0.171 0.074
MMT00031873 BC024139 0.173 0.075
MMT00042247 Tpd52 0.157 0.079
MMT00081439 Ugdh 0.136 0.086
MMT00039465 Clca2 0.182 0.088
MMT00063772 Adamts4 0.194 0.089
MMT00060559 Fgb 0.132 0.089
MMT00027064 Gpm6b 0.173 0.093
MMT00056584 Trfr2 0.127 0.094
MMT00010873 Atp8b2 0.101 0.096
MMT00070040 Dck 0.168 0.097
MMT00028908 Lrp1 0.140 0.097
MMT00014444 Ap3s1 0.123 0.102
MMT00054735 BC038881 0.179 0.103
MMT00025902 Amigo 0.158 0.105
MMT00066141 Mtnr1a 0.152 0.106
MMT00067105 Stk39 0.197 0.106
MMT00025527 Vtn 0.150 0.106
MMT00053787 Anxa3 0.124 0.118
MMT00026028 AI324046 0.131 0.120
MMT00018537 1810023F06Rik 0.154 0.121
MMT00067156 Emcn 0.125 0.122
MMT00037796 4930405M20Rik 0.165 0.123
MMT00007300 Slc25a24 0.122 0.124
MMT00070677 Il1r1 0.164 0.128
MMT00059089 Cyp4f13 0.145 0.130
MMT00054136 Synpo 0.153 0.132
MMT00012203 4632428N05Rik 0.151 0.134
MMT00012992 Fmo3 0.169 0.135
MMT00041355 Plk2 0.152 0.137
MMT00037571 Aldh1a7 0.156 0.142
MMT00007963 Sdcbp2 0.187 0.142
MMT00044996 Pex11a 0.138 0.144
MMT00059404 1810008K03Rik 0.189 0.146
MMT00072000 Cyp2c37 0.137 0.147
MMT00018607 1110008L20Rik 0.161 0.149
MMT00063359 1110028A07Rik 0.148 0.150
MMT00025633 3930402F23Rik 0.134 0.151
MMT00045090 Gstm1 0.160 0.151
MMT00058036 2410014A08Rik 0.171 0.152
MMT00025886 Tgm1 0.166 0.154
MMT00043964 Lxn 0.125 0.156
MMT00027763 Slc38a2 0.181 0.156
MMT00045775 2600011E07Rik 0.172 0.159
MMT00070201 Icam2 0.130 0.160
MMT00028683 Msx2 0.125 0.162
MMT00051144 Nid2 0.146 0.162
MMT00079074 D330012D11Rik 0.158 0.163
MMT00007117 Ngef 0.150 0.164
MMT00065264 Psmd8 0.150 0.165
MMT00074523 Pdlim2 0.206 0.167
MMT00045980 Scd2 0.123 0.169
MMT00022959 Abcg2 0.139 0.172
MMT00063274 Mesp1 0.138 0.174
MMT00018296 Hprt 0.105 0.177
MMT00082712 Lrat 0.142 0.177
MMT00082461 Thpo 0.125 0.177
MMT00049556 Matn2 0.163 0.182
MMT00026611 Col1a2 0.145 0.186
MMT00031229 Avpr1a 0.157 0.196
MMT00025021 Ly6d 0.147 0.203
MMT00062787 Rnase4 0.126 0.205
MMT00022657 C8b 0.129 0.209
MMT00034709 BC011468 0.134 0.210
MMT00024538 Raet1e 0.188 0.210
MMT00010083 Cyp4f15 0.153 0.212
MMT00033001 4930579G24Rik 0.154 0.213
MMT00071772 AI428936 0.205 0.218
MMT00065116 Cdc42ep3 0.165 0.223
MMT00013549 5830411E10Rik 0.135 0.228
MMT00004671 Aqp8 0.116 0.232
MMT00029192 Lamb3 0.173 0.233
MMT00035294 BC010552 0.167 0.236
MMT00081375 Fhl2 0.145 0.242
MMT00072411 Drctnnb1a 0.166 0.245
MMT00007603 Arsa 0.161 0.247
MMT00014558 9030624L02Rik 0.148 0.247
MMT00078969 Slc6a12 0.124 0.248
MMT00028408 Bet1 0.152 0.249
MMT00009302 BC051083 0.133 0.250
MMT00024150 Clstn3 0.170 0.252
MMT00017203 9-Sep 0.180 0.257
MMT00045707 Sart2 0.158 0.260
MMT00079130 Alas2 0.194 0.266
MMT00082869 1110025F24Rik 0.175 0.267
MMT00061484 Dll4 0.130 0.277
MMT00055415 Slc37a4 0.158 0.278
MMT00026973 Mx1 0.144 0.280
MMT00042538 Msr1 0.152 0.281
MMT00003569 1500004O14Rik 0.129 0.286
MMT00033419 1700093E07Rik 0.133 0.287
MMT00006709 Zfp521 0.139 0.292
MMT00043149 Actg 0.162 0.293
MMT00049262 4632413K17Rik 0.120 0.304
MMT00074692 Mmp13 0.173 0.305
MMT00072999 Mcm4 0.149 0.306
MMT00007277 2600017H02Rik 0.154 0.306
MMT00024107 5730485H21Rik 0.131 0.319
MMT00023027 Arid5a 0.150 0.320
MMT00025256 Gmpr 0.139 0.320
MMT00069398 3110050N22Rik 0.175 0.323
MMT00061586 9430059P22Rik 0.2 0.323
MMT00049092 Ccbl1 0.137 0.326
MMT00078486 Crat 0.165 0.327
MMT00015380 Sprr1a 0.118 0.337
MMT00077659 Gale 0.141 0.340
MMT00071610 Mmp27 0.164 0.342
MMT00067910 Mlp 0.162 0.344
MMT00047734 Nfkbil1 0.190 0.345
MMT00059054 Lgals1 0.182 0.346
MMT00055391 Serpina3n 0.125 0.346
MMT00061944 Scarb1 0.143 0.348
MMT00046920 Mod1 0.115 0.354
MMT00069588 Phca 0.173 0.355
MMT00060760 Chst7 0.133 0.358
MMT00006142 Slc16a1 0.160 0.359
MMT00005542 Spnb3 0.129 0.362
MMT00061857 Lama2 0.151 0.363
MMT00063833 Klra5 0.167 0.366
MMT00046654 Phf7 0.166 0.375
MMT00015674 Agpt2 0.148 0.377
MMT00038022 Pgd 0.125 0.386
MMT00028002 Pparg 0.175 0.390
MMT00058021 Dnaic1 0.167 0.391
MMT00046778 Armcx1 0.143 0.393
MMT00067333 Cml1 0.168 0.398
MMT00079155 Anxa1 0.168 0.400
MMT00039035 6430401A05Rik 0.169 0.403
MMT00074983 Gpx4 0.145 0.404
MMT00073538 2310004K20Rik 0.148 0.404
MMT00039396 Gnpnat1 0.170 0.405
MMT00051321 Kifc2 0.152 0.415
MMT00080548 Sdc4 0.139 0.416
MMT00076818 Slc25a10 0.176 0.419
MMT00030014 9130422G05Rik 0.149 0.428
MMT00058679 1810044O22Rik 0.128 0.429
MMT00049893 9030622O22Rik 0.166 0.434
MMT00026438 2810408E11Rik 0.142 0.437
MMT00012202 AW547365 0.183 0.438
MMT00016084 E430036I04Rik 0.151 0.441
MMT00040888 Postn 0.174 0.441
MMT00067947 Nrg1 0.155 0.442
MMT00027530 5430432M24Rik 0.121 0.443
MMT00040765 Igfals 0.169 0.447
MMT00010973 Tbx6 0.184 0.466
MMT00061739 Ppm1f 0.144 0.467
MMT00056001 Pole2 0.154 0.471
MMT00050299 4931406C07Rik 0.147 0.472
MMT00061767 Tceal1 0.129 0.474
MMT00015524 Hal 0.171 0.476
MMT00058222 C820005L12Rik 0.186 0.477
MMT00007859 Npdc1 0.138 0.489
MMT00003575 2810439K08Rik 0.144 0.496
MMT00005727 Fignl1 0.140 0.499
MMT00011832 Egr2 0.140 0.510
MMT00046171 2510042P03Rik 0.154 0.514
MMT00005418 Dp1 0.171 0.515
MMT00041310 2310057H16Rik 0.146 0.520
MMT00018170 4933434G05Rik 0.151 0.520
MMT00069683 Acat2 0.143 0.524
MMT00034916 Cyp2g1 0.150 0.536
MMT00031586 Ces2 0.139 0.539
MMT00069238 Ung 0.156 0.552
MMT00039138 Lmo2 0.165 0.553
MMT00063470 Agxt 0.181 0.56
MMT00045746 Spata13 0.150 0.574
MMT00070540 Sema6d 0.154 0.575
MMT00017837 Impa2 0.172 0.582
MMT00048978 Cyp2c50 0.145 0.593
MMT00041568 Zfp533 0.158 0.599
MMT00026166 AA545217 0.150 0.600
MMT00006981 Porcn 0.150 0.609
MMT00067776 0610010O12Rik 0.161 0.620
MMT00020602 Spon2 0.108 0.621
MMT00022932 BC025446 0.179 0.635
MMT00081543 Serpina3m 0.129 0.635
MMT00001154 2600001J17Rik 0.150 0.637
MMT00035101 Atp6v1a1 0.145 0.637
MMT00070429 Bace2 0.171 0.639
MMT00053710 Papss1 0.144 0.639
MMT00043004 Asf1b 0.159 0.644
MMT00075972 Cyp2c55 0.147 0.649
MMT00000887 Gne 0.140 0.654
MMT00076051 2310014L17Rik 0.208 0.654
MMT00045344 BC025600 0.156 0.656
MMT00059782 Ctsk 0.145 0.657
MMT00032264 Nek2 0.126 0.658
MMT00070618 Npl 0.161 0.659
MMT00016157 Gck 0.166 0.660
MMT00066819 AW146242 0.147 0.668
MMT00035158 5730469M10Rik 0.154 0.682
MMT00014927 H2afz 0.127 0.685
MMT00048462 Golph2 0.152 0.689
MMT00036060 Clcn5 0.164 0.698
MMT00051292 Egfr 0.146 0.699
MMT00056256 Ephx1 0.131 0.708
MMT00028949 1700012B18Rik 0.185 0.709
MMT00038075 Arhgap21 0.143 0.715
MMT00061203 9330129D05Rik 0.147 0.718
MMT00011089 Cyp2c54 0.130 0.723
MMT00077244 mKIAA1236 0.151 0.724
MMT00013585 Actg 0.153 0.726
MMT00011446 Ahcy 0.135 0.729
MMT00040982 D19Wsu12e 0.130 0.730
MMT00082677 Gbe1 0.144 0.731
MMT00059202 Rcn 0.159 0.731
MMT00074527 Tk1 0.149 0.733
MMT00016835 Gpld1 0.098 0.735
MMT00042966 Lin7a 0.173 0.735
MMT00031650 Eml1 0.126 0.740
MMT00032545 Tm4sf6 0.136 0.747
MMT00063382 Mcm2 0.121 0.752
MMT00045329 Nab2 0.150 0.755
MMT00033624 Dact2 0.133 0.759
MMT00079874 Tjp2 0.159 0.760
MMT00019204 Gys2 0.171 0.762
MMT00037385 Dnaja1 0.154 0.764
MMT00017157 Chc1l 0.176 0.766
MMT00013100 2810489O06Rik 0.131 0.769
MMT00003970 Ctps 0.133 0.772
MMT00008578 AA408451 0.171 0.773
MMT00037403 Tjp3 0.144 0.778
MMT00081967 Psmb10 0.129 0.817
MMT00061273 Osbpl3 0.143 0.819
MMT00011257 Fhit 0.174 0.824
MMT00030448 4833409A17Rik 0.165 0.830
MMT00033085 Mme 0.137 0.841
MMT00018925 Hamp 0.176 0.842
MMT00002002 Unc5b 0.132 0.853
MMT00004264 Abcd3 0.124 0.874
MMT00047786 Banp 0.180 0.883
MMT00039764 Timp3 0.125 0.890
MMT00062045 Ywhah 0.130 0.906
MMT00016621 LOC13909 0.142 0.913
MMT00042811 Pigr 0.151 0.918
MMT00052337 Rgs5 0.141 0.950
MMT00031178 Mug1 0.151 0.955
MMT00053241 Olig2 0.129 0.955
MMT00041166 Heph 0.137 0.964
MMT00072646 Nup210 0.162 0.976
MMT00080984 Gnai1 0.140 0.979